Съхранението на дезинфектанти изисква внимание към няколко аспекта. Първо, дезинфектантите трябва да се съхраняват на сухо, хладно и добре{1}}проветриво място. Високите температури и влажност могат да доведат до разлагане или влошаване на дезинфектантите, намалявайки ефективността им. При високи температури някои компоненти на дезинфектанта могат да претърпят химични реакции, което значително намалява неговия бактерициден ефект; докато влажността може да накара дезинфектанта да абсорбира влага, което да повлияе на неговата стабилност и ефективност. Второ, трябва да се избягва пряката слънчева светлина. Ултравиолетовите лъчи на слънчевата светлина могат да повредят компонентите на дезинфектанта, като ускорят процеса на разваляне. В същото време трябва да се спазват изискванията за съхранение на дезинфектанти, като се обръща внимание на срока на годност и се избягва използването на дезинфектанти с изтекъл срок на годност. Дезинфектантите с изтекъл срок на годност може да са се променили в работата си, да не постигнат очаквания бактерициден ефект и дори да имат неблагоприятни ефекти върху системата. В допълнение, за някои дезинфектанти със специални свойства, като запалими, експлозивни или токсични дезинфектанти, са необходими специални мерки за съхранение, за да се гарантира безопасността на средата за съхранение и да се предотвратят злополуки. По време на съхранение дезинфектантите също трябва да се съхраняват отделно от други артикули, за да се избегне взаимна намеса.
